Til að hámarka rauðan lit getum við haft áhrif á og stjórnað sumum, en ekki öllum þessum þáttum. Það eru þrír hópar af litarefnum í eplahúð og styrkur allra þriggja litarefna breytist á tímabilinu. Klórófyll eru grænu litarefnin sem bera ábyrgð á ljóstillífun og eru staðsett í grænukornum innan frumunnar. Karótenóíð eru gul, appelsínugul eða rauð og eru staðsett í litningum innan frumanna. Anthocyanín eru rauð, blá eða fjólublá og eru staðsett í lofttæmum í frumunni. Þegar epli þroskast brotnar blaðgræna niður og karótenóíðum fjölgar eftir því sem blaðgrænuefni breytast í litninga. Á sama tíma geta antósýanín aukist allt að fimmfalt. Eplahúðin hefur tvenns konar frumur: húðþekjan er 2 eða 3 frumur djúp og undir húðþekju eru 6 til 10 undirhúðfrumur. Roði húðarinnar fer eftir hlutfalli þessara frumna sem innihalda anthocyanin.
Meira um anthocyanín
Anthocyanín eru vatnsleysanleg og þess vegna bleikja þau þegar þau eru soðin. Aftur á móti eru rauðu litarefnin í papriku og tómötum karótenóíð og haldast rauð þegar þau eru soðin vegna þess að þau eru ekki vatnsleysanleg. Anthocyanín tilheyra flokki lyktarlausra sameinda sem kallast flavonoids og bragðast í meðallagi samandrepandi. Anthocyanín eru andoxunarefni og geta verndað vefi plantna fyrir útfjólubláu ljósi og háum hita. Antósýanín eru glýkósíð, sem eru lífrænar sameindir sem innihalda sykursameindir og af 6 algengum glýkósíðum er sýanidín-3-galaktósíð algengast. Þessi glýkósíð geta verið á litinn frá appelsínugult til blátt til fjólublátt. Litur þessara glýkósíða getur breyst ef pH frumulausnarinnar er breytt; í hátt pH er liturinn blár og við lágt pH er liturinn rauður. Þegar ferskjur verða fyrir vatni með hátt pH myndast rákir eða blek á húðinni oft sem dökkblár eða næstum svartur litur.
Lífmyndunarferill anthocyanins er nokkuð vel þekktur. Undanfari anthocyanin er amínósýran fenýlalanín og það eru sjö lífefnafræðileg skref sem þarf til að mynda anthocyanin úr fenýlalaníni. Nýlegar rannsóknir hafa sýnt að anthocyanin myndun í eplahúð og holdi er stjórnað af genafjölskyldu. Hvert skref í ferlinu er hvatað af öðru ensími og hverju þessara ensíma er stjórnað af einu eða tveimur af þremur genum. Í þremur af fyrstu sex þrepunum í ferlinu stjórnast genin af ljósi og í þremur þrepum er genunum stjórnað af bæði ljósi og hitastigi, en genið sem tekur þátt í lokaþrepinu er fyrst og fremst stjórnað af hitastigi. Apple hefur 17 sett af litningum og hingað til hafa gen fyrir húðlit verið auðkennd á litningum 2 og 9.
Það hefur verið töluvert af rannsóknum með 'Honeycrisp' til að komast að því hvers vegna sum epli eru röndótt en önnur eru roðnuð. Stundum gefur heilt tré annaðhvort röndótta eða roðnaða ávexti, en stundum finnast báðar tegundir á sama trénu og jafnvel innan eins þyrpingar. Rannsóknir í Minnesota hafa sýnt að röndótt svæði í húðinni hafa meiri virkni tveggja af þremur genum sem bera ábyrgð á rauðum lit.
Næring trjáa
Sumir ræktendur telja sig geta aukið rauða litaþróun með því að bæta næringarástand trésins, en flestir ólífrænir þættir hafa lítil áhrif á litinn, sérstaklega ef hitastig og ljós henta ekki til litaþróunar. Hátt köfnunarefnisgildi síðla árs veldur því að fenýlalanín breytist í prótein frekar en anthocyanin, þannig að forðast ætti hátt köfnunarefnisgildi síðla árs. Nægilegt magn af kalíum er nauðsynlegt fyrir góða litaþróun. Svo ef tré skortir kalíum, getur notkun kalíums aukið litaþróun. Ef næringargildi eru fullnægjandi fyrir góðan vöxt trjáa og ávexti, þá mun það líklega ekki auka litaþróun að bæta við hvaða frumefni sem er.Notkun óþarfa kalíums eða magnesíums mun líklega framkalla bitur gryfjuþróun frekar en rauðan lit.
Í stuttu máli, þegar óskað er eftir mjög lituðum ávöxtum, er mikilvægt að planta yrkjum og stofnum sem eru erfðafræðilega forritaðir til að framleiða mjög litaða ávexti. Fyrir utan að velja viðeigandi yrki, hafa ræktendur aðeins miðlungs getu til að hvetja til þróunar á rauðum lit. Þegar hitastig er nægilegt fyrir þróun rauðs litar, þá mun klipping og þjálfun trjáa til að leyfa góða ljósgengni um tjaldhiminn hvetja til hámarks litaþróunar. Mikilvægt er að koma í veg fyrir álag á trén, sérstaklega ofvöxt, þurrka, óhollt lauf og næringarskort, en mun ekki bæta upp fyrir hátt hitastig eða lágt birtustig.
